شورای پژوهشی موسسه سومین رکن بعد از هیات امنا و رییس موسسه محسوب می‌شود و ترکیب آن بر اساس ماده 10 اساسنامه عبارت است از:
1- رییس موسسه(رییس شورا)
2- معاون پژوهشی موسسه(دبیر شورا)
3- دوتن از مدیران گروه های پژوهشی به انتخاب رییس موسسه
4- دو تا پنج تن از اعضای هیات علمی(انتخاب حداقل دوتن از پژوهشگران و صاحبنظران خارج از موسسه/بیرونی)

وظایف و اختیارات شورای پژوهشی:
1- تصویب طرح ها و برنامه های پژوهشی
2-نظارت بر کیفیت و حسن اجرای طرح های پژوهشی
3-نظارت بر انتشار کتب و نشریه های پژوهشی
4- بررسی نیاز های تجهیزاتی، انتشاراتی و پژوهشی
5-تعیین خط مشی موسسه برای ارتباط علمی با سایر مراکز آموزشی- پژوهشی در محدوده ضوابط و مقررات کشور
6- ارزیابی نتایج فعالیت های پژوهشی
7- بررسی و تصویب سفر های علمی کوتاه مدت و بلند مدت