درآغاز نگاهی به روند شکل گیری موسسه پژوهش­های برنامه ریزی، اقتصاد کشاورزی و توسعه روستایی نشان خواهد داد، این موسسه دارای ظرفیت عظیم پژوهشی برای تاثیرگذاری در بخش کشاورزی و توسعه آن در حوزه­های گوناگون اقتصادی و اجتماعی می باشد
در وزارت کشاورزی سابق واحدهای پژوهشی مسؤل شامل موارد زیر بوده است:
· موسسه پژوهشهای برنامه ریزی و اقتصاد کشاورزی
· دفتر بررسی های اقتصادی طرحهای تحقیقاتی
در وزارت جهاد سازندگی سابق واحدهای پژوهشی مسؤل شامل موارد زیر بوده است:
· مرکز تحقیقات و بررسی مسائل روستایی
· کارشناسان مسئول مطالعات اقتصادی اجتماعی در مراکز تحقیقات استانی
· دفتر مطالعات جامع و نظارت
در وزارت جهاد کشاورزی واحدهای پژوهشی مرتبط، طی فرآیند زیر به موسسه کنونی منجرگردید:
1- انتزاع مرکز تحقیقات و بررسی مسائل روستایی از حوزه مرکزی وزارتخانه و الحاق آن به سازمان تحقیقات و آموزش کشاورزی(بر اساس مصوبه شماره 13/680.ط مورخ 16/4/81شورای عالی اداری)
2- تجمیع گروههای تحقیقات روستایی (وابسته به مرکز تحقیقات و بررسی مسائل روستایی) با پستهای کارشناس مسئول مطالعات اقتصادی اجتماعی و پستهای مرتبط با آن (پستهای مربوط به مرکز تحقیقات منابع طبیعی و امور دام سابق) در مراکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استانها (بر اساس ابلاغیه شماره14615 مورخ 7/10/82 معاون محترم توسعه منابع انسانی وزارت جهاد کشاورزی)
3- انتزاع دفتر بررسی های اقتصادی طرحهای تحقیقاتی از ستاد سازمان تحقیقات و آموزش کشاورزی و الحاق آن به مرکز تحقیقات و بررسی مسائل روستایی (براساس حکم شماره 77170/200مورخ 23/11/85 معاون محترم وزیر و رئیس سازمان تحقیقات و آموزش کشاورزی)
4- ادغام مرکز تحقیقات و بررسی مسائل روستایی و همچنین دفتر برنامه ریزی توسعه روستایی در موسسه پژوهشهای برنامه ریزی و اقتصاد کشاورزی و تغییر نام به موسسه پژوهشهای برنامه ریزی، اقتصاد کشاورزی و توسعه روستایی (براساس‏ابلاغیه شماره 27305/020 مورخ 2/8/86 وزیر محترم جهاد‏کشاورزی)
شایان ذکراست موسسه در فرآیند تحولی خود مجوزهای قانونی زیر را از نهادهای ذیربط کسب نموده است:
1- اساسنامه مصوب شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
2- مصوبه شورای عالی اداری
3- تشکیلات مصوب سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور
4- هدف ، وظایف و پست های سازمانی مصوب سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور
5- آئین نامه مالی و معاملاتی مصوب هیات امناء و ابلاغی وزیر علوم ، تحقیقات و فن آوری
6- آئین نامه استخدامی هیات علمی مصوب هیات امناء و ابلاغی وزیر علوم ، تحقیقات و فن آوری
همچنین موسسه دارای بدنه کارشناسی مناسب و کارآمد (23 نفر دکتری، 70 نفر فوق لیسانس و 51 نفر لیسانس) برای پاسخگویی به نیازهای پژوهشی کشور در زمینه های برنامه ریزی، اقتصاد کشاورزی و توسعه روستایی می باشد.

نگاهی اجمالی به فعالیت­های شاخص موسسه
- همکاری های بین المللی و منطقه ای با:
- مرکز جامع توسعه روستایی آسیا و اقیانوسیه (CIRDAP)
- سازمان خواروبار و کشاورزی ملل متحد (FAO)
- سازمان همکاری‌های اقتصادی (ECO)
- بانک توسعه اسلامی (IDB)
D8 -
- سازمان کنفرانس اسلامی
- صندوق بین‌المللی پول
- مدیریت انجام اقدامات مرتبط در فرایند تهیه و تدوین برنامه اقتصاد مقاومتی و تصویب سند راهبردی در مصوبه شورای اقتصاد
- مدیریت انجام اقدامات مرتبط در فرایند تهیه و تدوین برنامه ششم توسعه، تهیه اسناد پشتیبان و همکاری با شوراهای برنامه ریزی مرتبط با برنامه ششم توسعه
- انجام پروژه های پژوهشی ملی و بین المللی در سطح کلان :
- بانک توسعه اسلامی
- فائو(استراتژی توسعه کشاورزی)
- مجری پروژه ملی « بهنگام سازی سند ملی آب»
- مجری پروژه « ایجاد سامانه هوشمند اطلاعات بخش کشاورزی»
- همکاری با نهادهای فرا بخشی شامل:
- شورای عالی آب
- شورای عالی محیط زیست
- شورای عالی عشایر
- کمیسیون ملی یونسکو
- کمسیون های دولت
- کمیته ملی توسعه پایدار
- کمیته تخصصی توسعه روستایی
- مرکز پژوهش های مجلس شورای اسلامی
- کمسیون کشاورزی، آب و محیط زیست مجلس شورای اسلامی
- همکاری در تهیه و تدوین برنامه های راهبردی موضوعی و محصولی، دبیری و دبیر خانه شورای راهبردی وزارتخانه
- تبیین و تشریح مفهوم اقتصاد مقاومتی در بخش کشاورزی و تدوین نقشه راه در این زمینه
· تدوین برنامه پنجم بخش کشاورزی با همکاری کلیه واحدهای وزارتخانه
· تهیه و تدوین بسته های اجرایی بخش کشاورزی برنامه پنجم
· تهیه بسته های حمایتی برخی محصولات اساسی کشاورزی ایران (مانند بسته حمایتی پنبه به منظور تصویب در کمیسیون اقتصادی دولت)
· مشارکت، هدایت و همکاری در تدوین آیین نامه‌ها،دستورالعمل‌های اجرایی و ضوابط قانون افزایش بهره‌وری و پیگیری تصویب آیین نامه ماده 33 قانون بهره وری (بورس)
· مشارکت و همکاری موثر در تدوین و تصویب قانون هدفمند نمودن یارانه ها( بخش کشاورزی مرحله اول و دوم)
· مشارکت و همکاری در تدوین آیین نامه توسعه بخش کشاورزی بر مبنای توسعه دشت ها
· بررسی وضعیت صندوق بازنشستگی کارکنان جهادکشاورزی و تعیین تکلیف آن
· پیگیری درج نظرات وزارت جهاد کشاورزی و دولت در تهیه و تدوین طرح انتزاع وظایف بخش کشاورزی از وزارت صنعت، معدن و تجارت
· شرکت فعال در جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام پیرامون سیاست های کلی بخش کشاورزی
· تهیه تعاریف شاخصهای سیاست های کلی بخش کشاورزی و ارائه آن به کمیته کشاورزی مجمع تشخیص مصلحت نظام
· ارائه پیشنهادات در خصوص سیاست های کلی آمایش مرتبط با بخش کشاورزی به شورای ملی آمایش در حوزه معاونت راهبردی ریاست جمهوری
· تهیه طرح توسعه و خودکفایی محصولات اساسی طی سال های 94-1392با مشارکت سایر واحدهای وزارتخانه
· ارائه سخنرانی های متعدد پیرامون مسائلی همچون الگوی کشت، آمایش سرزمین و مسائل اقتصاد کشاورزی در شورای راهبردی کشاورزی مجمع تشخیص مصلحت نظام، پیگیری و هماهنگی کلیه اقدامات مرتبط با سیرداپ ازجمله : برگزاری جلسات مرتبط با تعیین زمینه ها و تنظیم محورها و تهیه محتوای علمی و فنی و تشکیل جلسات کمیته فنی و اجرایی و شورای حکام، راهبری جلسه کمیته فنی و اجرایی و شورای حکام
· عضویت و همکاری در کمیته ملی توسعه پایدار
· برگزاری و همکاری در همایش بین المللی توسعه روستایی در استان سیستان و بلوچستان
· برگزاری‏وهماهنگی‏کمیته ملی‏توسعه پایدار روستایی و تنظیم گزارش‏های مرتبط
· شرکت مستمر در جلسات تدوین سیاست های کلی محیط زیست در کمیسیون ذیربط مجمع تشخیص مصلحت نظام
· همکاری مستمر با کمیته پدافند غیر عامل وزارت جهاد کشاورزی و ارائه نقطه نظرات کارشناسی
· همکاری با دفتر نهاد ریاست جمهوری به منظور ساماندهی حمل و نقل روستایی
· همکاری مستمر با کمیته واگذاری تصدی های غیر حاکمیتی وزارت جهاد کشاورزی به بخش غیر دولتی
· مشارکت و ارائه پیشنهاد هایی برای اجلاس ریو +20
· مطالعه و آماده سازی مبانی توسعه کشاورزی در راستای الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت
· مشارکت در تهیه طرح تامین محصولات اساسی در شرایط ویژه به منظور ارائه به شورای عالی امنیت ملی
· تهیه و تدوین گزارش های محرمانه در خصوص تاثیر تحریم بر بخش کشاورزی پیگیری و مذاکره و تجزیه و تحلیل مبانی تئوری محاسبه موجودی سرمایه بخش کشاورزی (که در شرایط موجود توسط بانک مرکزی کم براوردی محاسبه می شود)
· ارائه و تجزیه و تحلیل افزایش شکاف قیمت تولید کنندگان و مصرف کنندگان با مستندات در جلسات متعدد پیرامون حمایت از بخش کشاورزی
· بررسی ناکارآمدی بازار در انتقال قیمت محصولات کشاورزی و آثار آن در قالب هدفمندی و ارائه آن در جلسات متعدد

ارکان و ساختار موسسه:
ارکان شامل:
الف - هیات امناء
ترکیب اعضای هیات امنای موسسه عبارتند از:
1- وزیر جهاد کشاورزی (رئیس هیات امناء)
2- وزیر علوم، تحقیقات و فناوری یا نماینده وی
3- رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور یا نماینده وی
4- سه تا پنج تن از شخصیت های علمی – فرهنگی که نقش موثری در توسعه و پیشرفت موسسه داشته باشند.
5- رئیس موسسه ( دبیر هیات امناء)
ب – رئیس
رئیس موسسه که نماینده قانونی موسسه نزد مراجع حقیقی و حقوقی می باشد از بین اعضای هیات علمی با معرفی وزیرجهاد کشاورزی، تایید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و حکم وزیر جهاد کشاورزی منصوب می شود.
ج – شورای پژوهشی
ترکیب شورا عبارت است از:
1. رئیس موسسه (رئیس شورا)
2. معاون پژوهشی موسسه (دبیرشورا)
3. دو تن از مدیران گروه های پژوهشی به انتخاب رئیس موسسه
4. دو تا پنج تن از اعضای هیات علمی